Радом Националног координационог тела за олакшање трговине председава државни секретар Министарства унутрашње и спољне трговине, а заменик је помоћник директора – координатор Управе царина. Чланови НКТОТ именују се са руководећих позиција државних органа који доносе прописе и спроводе контроле приликом увоза, извоза и транзита робе. По потреби, и представници других државних органа, институција и посебних организација могу бити позвани да учествују у раду овог тела, када се расправља о темама из њиховог делокруга.

Национално координационо тело за олакшање трговине састаје се најмање два пута годишње, а по потреби и чешће, и о свом раду подноси извештај Влади Републике Србије. Национално координационо тело за олакшање трговине одлучује већином гласова од укупног броја чланова. Рад Националног координационог тела је јаван и обезбеђује се представљањем рада овог тела на Интернету, давањем изјава и саопштења за јавност.